Когато Ницше е на единайсет години, умира баба му и най-накрая майка му е свободна да управлява самостоятелно домакинството си. След няколко неуспешни опита Франциска и двете деца се преместват в ъглова къща на „Вайнгартен“ през 1858 г., сносна, но с нищо незабележителна наумбургска улица. Сега Ницше има собствена стая. Много скоро си създава навик да работи до полунощ и да става в пет часа сутринта, за да продължи. Това е началото на живот, който нарича Selbstüberwindung, „себепреодоляване“, важен принцип, който по-късно развива метафизично, но засега единственото, което се налага да преодолява, е съсипващо лошото му здраве. Мъчителните пристъпи на главоболие с повръщане и силна болка в очите понякога продължават цяла седмица, през което време трябва да лежи в затъмнена стая със спуснати завеси. И най-малката светлина пронизва очите му. И дума не може да става за четене, писане и дори някаква свързана мисъл. Между Великден на 1854 г. и Великден на 1855 г. например Ницше отсъства от училище сумарно шест седмици и пет дни. Когато е здрав, използва, както го нарича, „величието на волята“, за да изпреварва съучениците си. Наумбургската Катедрална гимназия не е образователна дупка, но Ницше много си мечтае по някакъв начин да попадне в „Шулпфорта“, най-реномираното класическо училище на Германския съюз.
„Пфорта, Пфорта, мечтая само за Пфорта“ – пише той, когато е на десет години. „Пфорта“ е жаргонното наименование, използвано от възпитаниците на училището, а самонадеяното му споменаване от Ницше говори за силата на неговия копнеж.
„Пфорта“ дава образование на двеста момчета на възраст от четиринайсет до двайсет години, като се предпочитат деца, чиито бащи, като този на Ницше, са починали в служба на пруската църква или държава. Процесът на подбор на кандидатите много напомня на приказката за Пепеляшка, когато пратениците на принца пътували из цялата страна, търсейки момиче, на чийто крак ще стане изгубената обувка. Те пристигат в Наумбург, когато Ницше е на тринайсет, и въпреки несигурните му знания по математика, остават достатъчно впечатлени, за да му предложат място през следващата есен.
„Аз, бедната Лама – пише Елизабет с обичайния си драматизъм, – се почувствах зле употребена от съдбата. Спрях да се храня и легнах в прахта, за да умра.“ Страданието ѝ е причинено не от завист към брат си заради първокласното му образование, а от тъгата, че месеци наред няма да го вижда у дома. Самият Ницше също не е лишен от лоши предчувствия. С наближаването на деня за заминаване майка му съобщава, че възглавниците му били мокри от сълзи, но денем се държал наперено.
„Беше вторник сутринта, когато излязох през градските порти на Наумбург... все още ми се привиждаха ужасите на страховита нощ и бъдещето пред мен бе забулено със зловещо сиво покривало. За първи път напусках дома на родителите си за дълго, дълго време... Раздялата ме изпълни с отчаяние; треперех при мисълта за бъдещето... мисълта, че отсега нататък вече няма да мога да се отдавам изцяло на мислите си, че съучениците ми ще ме откъснат от най-любимото ми занимание – тази мисъл ужасно ме тревожеше... всяка изминала минута ставаше все по-страшно, дори когато видях Пфорта да проблясва в далечината, тя ми се стори повече като затвор, отколкото като алма матер... Изведнъж сърцето ми се изпълни с възвишени чувства. Възнесох се към Бог в мълчалива молитва и дълбоко спокойствие обхвана духа ми. Да, Господи, благослови моето влизане и защити ме, дух и тяло, в това огнище на Светия дух. Изпрати ангел да ме води победоносно в битките, които ще водя... това те моля, Господи! Амин.“
Приликата на „Пфорта“ със затвор се дължи на нейното възникване като цистерциански манастир. Разположена в изолираната долина на един приток на Зале, на около шест километра южно от Наумбург, тя е заобиколена от триметрови стени с дебелина две педи и половина, затварящи 280 декара плодородна земя, осеяна с обичайните манастирски удобства: езерце с шарани, пивоварна, лозе, ливади за сено, ниви и пасища наоколо, хамбари, мандра, конюшни, ковачница, каменни галерии и множество прекрасни готически сгради. Като разширена версия на бащиния му дом в Рьокен, това е църковна крепост, предназначена да устоява на политически превратности, най-важни от които, специално за „Пфорта“, са религиозните войни от XVI–XVII в. Когато борбите са прекратени и католицизмът е прогонен, принц-курфюрстът на Саксония, който поддържа Мартин Лутер, обявява „Пфорта“ за Prinzenschule. Това е едно от най-важните латински училища, създадени през 1528 г. от Шварцерд, който помага на Лутер за превода на Стария завет на немски. Освен латинския и гръцкия, които са основата на висшето образование, Шварцерд въвежда преподаване на иврит, което позволява на учените да четат великите еврейски текстове в оригинал, а не като преводи, които много често са политически или теологически изкривени. Това е смела стъпка срещу многовековната църковна цензура и дава на всеки учен възможност за независим анализ.
По времето, когато Ницше влиза в образователната система, тя е леко преработена от Вилхелм фон Хумболт, брат на прочутия изследовател, географ и учен Александър. Приятел на Шилер и Гьоте, Хумболт е политически повлиян от пребиваването си в Париж скоро след превземането на Бастилията. „Париж и Франция вече доста ми дотегнаха – пише той с необичайна за двайсет и две годишен младеж зрялост и хладнокръвно заключава, че е станал свидетел на необходимите родилни мъки за създаването на нова рационалност. – Човечеството, измъчено от една крайност, е принудено да търси спасение в друга.“
