Когато папите отново правят Рим център на християнския свят, всичките тези незначителни принцове, лишени от опората си, се примъкват към Светия престол и получават нови инвеститури, вече от ръцете на папата, и плащайки му ежегоден данък, се накичват с титлите „херцози”, „графове” и „сеньори” и започват да се наричат „викарии на църквата”.
Припомняйки си думите и постъпките на всеки един от тях през последните седем години, тоест, откакто заема трона на свети Петър, Александър VI лесно открива в поведението на всеки от тях някакво малко отклонение от условията на договора между васал и сюзерен. Тогава той излага претенциите си пред специално създаден за тази цел трибунал, който обявява, че „викариите на църквата” не изпълняват условията на инвеститурата, заради което трябва да бъдат лишени от владенията си, които да се върнат на Светия престол. Но тъй като те са хора, на които е по-лесно да им бъде издадена такава присъда, отколкото да я изпълнят, папата назначава за свой главнокомандващ новоизпечения херцог на Валентинуа, възлагайки му лично да се заеме с това нещо.
„Викариите на църквата”, за които става дума, са: Малатеста в Римини, Сфорца в Пезаро, Манфреди във Фаенца, Риарио в Имола и Форли, Варани в Камерино, Монтефелтро в Урбино и Каетани в Сермонета.
Междувременно, за да поддържа приятелството си със своя роднина и съюзник Луи ХII, херцогът на Валентинуа остава с него в Милано по време на цялото пребиваване на френския крал в града, но след едномесечна лична окупация Луи се връща в столицата си, а херцогът на Валентинуа заповядва на своите кирасири и швейцарци да го чакат между Парма и Модена и се отправя с пощенска кола към Рим с цел да докладва лично на папата за плановете си и да чуе последните му разпореждания.
След пристигането си той открива, че богатството на сестра му Лукреция е нараснало значително по време на отсъствието му и то не благодарение на мъжа й Алфонсо, бъдещето на когото е твърде съмнително заради успехите на Луи ХII, което и служи като повод за охлаждането на отношенията между него и Александър, а благодарение на собствения й баща, върху когото тя има необичайно влияние през тези години. Папата например обявява Лукреция Борджия Арагонска за пожизнен губернатор на град Сполето и на цялото херцогство с всички произтичащи от това приходи, права и ренти. Благодарение на тази длъжност могъществото й и положението й в обществото нарастват толкова, че тя вече не се появява пред хората без кортеж от двеста коня, състоящ се от най-знатните дами и най-благородните кавалери на Рим. Освен това, понеже двойната любов на бащата към Лукреция не е тайна за никого, нейни най-покорни слуги стават първите прелати на църквата, постоянните посетители във Ватикана и най-близките приятели на Негово светейшество. Често може да се види как кардинал й подава ръка, помагайки й да слезе от носилката или от коня, или как архиепископи спорят за правото да отслужат меса в дома й.
Междувременно идва време Лукреция Борджия да напусне Рим, за да влезе във владение на държавата си, но понеже баща й не може да понася дълго раздялата с любимата си дъщеря, той решава да й подари град Непи, който преди време е даден на Асканио Сфорца срещу избирателния му глас. Асканио го губи, когато свързва съдбата си с тази на брат си, херцога на Милано, и папата, готвейки се да си присвои града, кани Лукреция да отиде там, за да вземе участие в празненството в чест на встъпването й във владение на новия си подарък.
Бързината, с която Лукреция изпълнява волята на баща си, му струва още един подарък – това е град Сермонета и прилежащите му територии, който принадлежи на фамилията Каетани. Наистина, този дар е все още тайна, защото първо трябва да се избавят от двамата собственици на това владение – Негово преосвещенство Джакомо Каетани, апостолически протонотарий, и младия, изпълнен с надежди кавалер Просперо Каетани. И двамата живеят в Рим и въобще не подозират нищо, смятайки – единият по силата на положението си, а другият, благодарение на смелостта си – че са едни от фаворитите на Негово светейшество, заради което Александър решава, че няма да има никакви затруднения. Речено – сторено. След завръщането на Негово светейшество в Рим Джакомо Каетани е арестуван под някакъв предлог, заточен в замъка „Сант Анджело” и скоро след това – отровен, а Просперо Каетани е чисто и просто удушен в собствения си дом. Двете смърти следват толкова бързо една след друга, че нито един от братята не успява да направи завещание, заради което папата обявява, че Сермонета и цялото останало имущество на Каетани се прехвърлят на папската канцелария, която пък веднага ги продава на Лукреция за осемстотин хиляди дуката, а Негово светейшество връща тази сума на дъщеря си още на следващия ден. Колкото и Чезаре Борджия да бърза за Рим, все пак му се налага да признае, че баща му е започнал разправата с „викариите на църквата” преди него.
По времето на пребиваването му във Франция нараства неимоверно много състоянието на още един човек – на Джовани Борджия, племенника на папата, който е предан приятел на убития херцог на Гандия. Всъщност в Рим се говори, че младият кардинал се радва на милостта на Негово светейшество благодарение не толкова на спомена за братовчед му, колкото заради покровителството на братовчедка му. Затова Чезаре започва да се отнася с подозрение към Джовани Борджия и тъкмо крои планове как да се отърве от него, когато научава, че братовчед му е назначен за кардинал a latere на целия християнски свят и е заминал от Рим, за да обиколи папската държава с многобройната си свита, състояща се от архиепископи, епископи, прелати и аристократи.
Чезаре пристига в Рим само за да поговори с Негово светейшество, така че прекарал три дни в града и събрал всички сили, с които разполага папата, той струпва армията си на брега на река Енца и веднага тръгва с нея към Имола, която, изоставена от владетелите си, избягали във Форли, е принудена да се предаде и да иска мир. Завладял Имола, Чезаре веднага тръгва към Форли.
Там го очаква сериозна съпротива, при това оказана от жена. Пристигайки в града, Катерина Сфорца, вдовица на Джироламо и майка на Отавиано Риарио, повдига бойния дух на гарнизона, заставайки сама и със състоянието си в негова защита. Видял, че няма да превземе просто така града, Чезаре решава да го обсади и дава необходимите разпореждания. Разполага артилерийската батарея там, където стената не му изглежда толкова здрава, след което нарежда да се стреля, докато не бъде пробит проход.
Върнал се в лагера си, той намира там кардинал Джовани Борджия, който се връща от Ферара в Рим, и озовал се наблизо, не пропуска случая да навести своя братовчед. Чезаре го приема с явно престорена радост и го държи при себе си три дни, а на четвъртия, събрал всичките свои офицери и придворни, организира голям прощален обяд, след което дава на Джовани писмо за папата и също така любезно се разделя с него.
Ставайки от масата, Джовани Борджия веднага тръгва на път, но стигнал до Урбино, изведнъж усеща странно неразположение и е принуден да спре. Когато след известно време му поолеква, той отново тръгна на път, но в Рока Контрада отново му става толкова зле, че решава да остане тук два дни. Почувствал известно подобрение и научил, че Форли е превзет, а Катерина Сфорца се е опитала да избяга и е попаднала в плен, той решава да се върне при Чезаре и да го поздрави с победата, но във Фосомброне, въпреки че сменя каретата с носилка, получава трети пристъп и това се оказва последното му спиране. Същия този ден той ляга на легло и повече не става, а три дни по-късно умира.
Тялото му е откарано в Рим и без каквато и да е тържественост е погребано в църквата „Санта Мария дел Пополо”, където вече го чака неговият приятел, херцогът на Гандия. Въпреки богатството на младия кардинал за него повече не си спомнят, сякаш никога не го е имало на този свят.
Така тихо и безшумно си отиват от този свят онези, които съдбата въвлича в стремителния вихър на честолюбието на трима души – Александър, Чезаре и Лукреция Борджия.
Приблизително по същото това време Рим е развълнуван от друго убийство. Дон Джовани Червильоне, роден кавалерист и смел воин, командир на кирасирите на Негово светейшество, връщайки се от вечеря при дон Елисео Пинятели, кавалер на ордена „Сант Джовани”, е спрян от бандити. Един от тях го пита как се казва. И когато Джовани отговаря, престъпникът, виждайки, че не е сгрешил, забива кинжал в гърдите му, а другият замахва с меча си така, че главата пада в краката на трупа, преди самият труп да падне на земята.
Губернаторът на Рим решава да се обърне към папата с жалба по повод на това убийство, но виждайки с какъв вид той изслушва новината, решава да не повдига повече този въпрос и да прекрати започнатото разследване, в резултат на което нито един от убийците така и не е арестуван. Всъщност из града плъзват слухове, че по време на краткия си престой в Рим Чезаре се среща с жената на Червильоне, която е от фамилията Борджия, и че научил за това нарушаване на съпружеския дълг, мъжът й побеснява и стига до заплахи по адрес на съпругата си и на любовника й. Когато тези заплахи стигат до ушите на Чезаре, той го поразява чрез ръката на Микелото, докато самият той се намира във Форли.
След тази смърт следва още една, при това толкова бързо, че започват да приписват вината за нея, ако не на същите обстоятелства, то поне на същия човек. Негово високопреосвещенство Аниели Мантуански, архиепископ на Козенца, секретар на папската канцелария и вицелегат във Витебро, изпаднал, неясно защо, в немилост пред Негово светейшество, е отровен една вечер на собствената си трапеза. Разговаря весело с няколко сътрапезници, а смъртта бавно и тихо струи във вените му. Отправя се към постелята си в добро здраве, а на сутринта го намират бездиханен. Всичко, което му принадлежи, веднага е разделено на три части – земите и къщата отиват при херцога на Валентинуа, архиепископията – при Франческо Борджия, сина на папа Каликс III, а мястото на секретаря е продадено за пет хиляди дуката на някой си Вентура Бенасаи, търговец от Сиена, който, връчвайки тази сума на Александър, още същия ден се пренася във Ватиканския дворец.
Резултат от тази смърт е въвеждането на нов закон, действащ дотогава без подобен статут. Когато наследниците на Негово високопреосвещенство Аниели започват да протестират срещу отнемането на имуществото му, Александър издава указ, забраняващ на кардиналите и свещениците да оставят завещания и указващ, че всичките освободили се имущества принадлежат на него.
Междувременно победоносното нашествие на Чезаре Борджия е спряно. С двестате хиляди дуката, останали му в хазната, Лудовико Сфорца събира петстотин бургундски конници и осем хиляди швейцарски пехотинци, с които нахлува в Ломбардия. Затова Тривулцио е принуден да напомни на Ив д’Алегр и войските му, че Луи ХII ги е дал на Чезаре само временно, и на херцога на Валентинуа му се налага да остави част от доведените от него войници от папската армия в Имола и Форли, а с останалите да се върне в Рим.
Александър пожелава влизането на сина му в Рим да е колкото се може по-тържествено. Научил обаче, че неговите фуриери са само на няколко мили от града, той разпраща куриери при посланици, кардинали, прелати, римски барони и всичките съсловия с предложение да излязат да посрещнат херцога на Валентинуа, съпроводени от свитите си, за да окажат почит към завръщащия се победител. И понеже подлостта на подчиняващите се е винаги по-силна от гордостта на повеляващите, заповедта му не само е изпълнена, но и преизпълнена.
Влизането на Чезаре в Рим е на 26 февруари 1500 година и понеже по време съвпада с всеобщото опрощаване на греховете, карнавалните празненства се оказват още по-шумни и освободени, отколкото обикновено. На следващия ден победителят започва да готви ново тържество под формата на маскарад. За да поласкае самолюбието си със съответстващото на славата, таланта и богатството си празненство, Чезаре решава да представи на площад „Навона”, обичайното място за провеждане на карнавални тържества, триумфът на Цезар. На следващия ден той се появява на този площад и преминава по улиците на Рим с няколко антични колесници, в които седят хора с костюми от онова време. Самият Чезаре стои в последната от тях, облечен с тога на римски император, със златен венец на главата и заобиколен от ликтори и войници, държащи знамена, на които е извезан девизът „Aut Caesar, aut nihil”.
Най-накрая, през четвъртата неделя на Великия пост, папата дава на Чезаре дългоочакваното от него звание на генерал и гонфалониер на Светата църква.
